Exenciones de IVA en zonas francas: cuando la prueba falla, cae el beneficio y nace la sanción
Introducción
Las exenciones en materia de IVA no son un simple beneficio automático: son una excepción estricta al principio general de imposición y, por ello, exigen una prueba sólida, coherente y completa. La sentencia del Consejo de Estado, expediente 28332 de 2025, en el caso de la Compañía Nacional de Aceites S.A. en reorganización, es una advertencia clara para abogados, contadores y asesores tributarios que estructuran operaciones con usuarios de zona franca confiando únicamente en facturas, órdenes de cargue o certificaciones formales.
Este fallo confirma que, cuando se invoca la exención del literal e) del artículo 481 del Estatuto Tributario, la carga probatoria recae plenamente en el vendedor y no se satisface con documentos comerciales si no se demuestra la introducción efectiva de la mercancía a la zona franca.
Desarrollo
El proceso se originó en la declaración del impuesto sobre las ventas correspondiente al segundo bimestre de 2016. La sociedad demandante registró como exentos ingresos derivados de la venta de aceite de soya refinado a usuarios industriales de zona franca, aplicando el literal e) del artículo 481 del Estatuto Tributario.
La DIAN, tras adelantar el proceso de fiscalización, reclasificó dichos ingresos como gravados a la tarifa general, al considerar que la contribuyente no probó que los bienes vendidos hubieran ingresado efectivamente a la zona franca ni que fueran utilizados en el desarrollo del objeto social de los compradores dentro de ese espacio especial. Como consecuencia, determinó un mayor impuesto a cargo y aplicó sanción por inexactitud.
El Consejo de Estado confirmó la actuación administrativa. La Sala reiteró que la exención prevista en el literal e) del artículo 481 del Estatuto Tributario exige tres elementos concurrentes: la venta desde el territorio aduanero nacional, la calidad de usuario industrial de zona franca del comprador y, de manera determinante, la entrega efectiva de los bienes en la zona franca para ser utilizados en el desarrollo del objeto social del usuario.
El fallo enfatiza que las zonas francas son espacios territoriales delimitados, en los cuales los usuarios industriales deben desarrollar su actividad exclusivamente. Por ello, no basta con que el comprador tenga la condición formal de usuario de zona franca ni con que el bien sea, en abstracto, necesario para su actividad económica. Es indispensable acreditar que la mercancía ingresó físicamente a la zona franca y fue recibida por el usuario.
En el caso concreto, las facturas, órdenes de cargue, remisiones y certificaciones del revisor fiscal solo demostraban la existencia de una relación comercial y de pagos, pero no la introducción real de la mercancía a la zona franca. Los formularios de movimiento de mercancías carecían de autorizaciones del operador de la zona franca y no coincidían con los registros oficiales. En otros casos, ni siquiera existían soportes de ingreso, lo que llevó a la Sala a concluir que el beneficio tributario fue aplicado sin cumplir los requisitos legales.
Enseñanzas estratégicas para el profesional tributario
Esta sentencia deja varias lecciones relevantes. En primer lugar, confirma que las exenciones tributarias se interpretan de manera restrictiva y que quien pretende beneficiarse de ellas debe probar, de forma plena, el cumplimiento de todos los requisitos legales.
En segundo lugar, aclara que la carga probatoria recae en el vendedor que declara el ingreso como exento. No es válido trasladar a la DIAN ni al usuario operador de la zona franca la obligación de acreditar la introducción de la mercancía. La verificación de ese presupuesto es parte esencial de la diligencia fiscal del contribuyente.
Adicionalmente, el fallo advierte que la falta de prueba suficiente no solo conduce a la reclasificación del ingreso como gravado, sino que habilita la imposición de la sanción por inexactitud cuando se genera un menor impuesto a pagar. La simple alegación de una diferencia de criterios no constituye, por sí sola, una eximente sancionatoria.
Finalmente, la sentencia resalta la importancia de la trazabilidad documental y operativa en operaciones con zonas francas. La coherencia entre facturación, logística, registros del operador y sistemas de información oficiales es determinante para sostener la exención en un proceso de fiscalización.
Conclusión
El caso de la Compañía Nacional de Aceites S.A. en reorganización reafirma un principio esencial del derecho tributario: los beneficios fiscales no se presumen, se prueban. Cuando la prueba es insuficiente o fragmentaria, la exención cae, el ingreso se grava y la sanción se impone.
Para el profesional tributario, este fallo es una guía clara para estructurar defensas sólidas y, sobre todo, para prevenir riesgos en la planeación fiscal de operaciones con zonas francas. En materia de IVA, la forma ayuda, pero la realidad probada decide.
