Contrato privado, presupuesto público: por qué una E.S.E. no queda libre de las reglas presupuestales cuando contrata
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Fuente integrada: Consejo de Estado, Sala de lo Contencioso Administrativo, Sección Primera, sentencia de 19 de febrero de 2026, consejera ponente Nubia Margoth Peña Garzón, radicación 13001-23-31-000-2009-00095-02, proceso promovido por la Cooperativa de Trabajo Asociado de Servicios Profesionales – COOTRASOMED.
Introducción: derecho privado no significa presupuesto privado
Una de las confusiones más frecuentes al analizar la contratación de una Empresa Social del Estado consiste en asumir que, si sus contratos están sometidos a normas civiles, entonces las reglas presupuestales públicas dejan de tener importancia.
La sentencia del Consejo de Estado del 19 de febrero de 2026 desarma esa lectura.
Al resolver el litigio promovido por COOTRASOMED frente a la liquidación de la E.S.E. Hospital San Pablo de Cartagena, la Sección Primera fue expresa: aunque las E.S.E. están sujetas a normas civiles en materia contractual, sus recursos son públicos y, por esa razón, siguen sometidas a las normas que regulan el presupuesto estatal.
La consecuencia práctica era decisiva. No bastaba con afirmar que existía un contrato de naturaleza privada o que los servicios habían sido prestados. También debía verificarse que la obligación hubiera sido asumida respetando las exigencias presupuestales aplicables.
La discusión surgió dentro de una liquidación administrativa
COOTRASOMED había prestado servicios de salud al Hospital San Pablo de Cartagena y, cuando la E.S.E. entró en liquidación, presentó una reclamación para obtener el reconocimiento de sumas que consideraba pendientes.
El liquidador encontró, entre otras circunstancias, dos contratos de prestación de servicios: el contrato No. 21 del 1 de octubre de 2004, por $200 millones, y el contrato No. 04 del 1 de febrero de 2005, por $250 millones.
Según la decisión administrativa examinada por el Consejo de Estado, los respectivos certificados de disponibilidad presupuestal habían sido suscritos con posterioridad a la legalización contractual.
Para el liquidador, esa circunstancia mostraba un problema en la planeación y en el manejo presupuestal de las obligaciones.
El argumento de COOTRASOMED: la E.S.E. contrataba bajo reglas civiles
La cooperativa sostuvo que las Empresas Sociales del Estado se rigen, en materia contractual, por reglas de derecho privado.
A partir de esa premisa cuestionó que el liquidador utilizara exigencias presupuestales y reglas asociadas a la contratación pública para negar el reconocimiento de determinadas acreencias.
La Sala aceptó una parte de la premisa, pero rechazó la conclusión que la demandante quería extraer de ella.
El hecho de que las E.S.E. estén sometidas a normas civiles en materia contractual no significa, explicó el Consejo de Estado, que queden desvinculadas de las reglas presupuestales estatales.
La clave: los recursos siguen siendo públicos
La razón utilizada por la Sala fue directa.
Los recursos de una Empresa Social del Estado son públicos y, en consecuencia, deben ser tratados como tales.
Ese carácter público de los recursos impide equiparar por completo la contratación de una E.S.E. con la contratación entre dos particulares que administran exclusivamente recursos privados.
La naturaleza civil del contrato no transforma la naturaleza de los dineros comprometidos.
El artículo 195 de la Ley 100 fue parte central del análisis
El Consejo de Estado acudió al artículo 195 de la Ley 100 para explicar el régimen jurídico de las Empresas Sociales del Estado.
La Sala destacó que, en materia presupuestal, el numeral 7 de esa disposición remite al régimen previsto, en función de su especialidad, en la ley orgánica de presupuesto.
Por eso, la discusión contractual no podía aislarse del régimen que ordena cómo deben comprometerse y ejecutarse los recursos públicos de la entidad.
El certificado de disponibilidad debía ser previo
La providencia también acudió al artículo 71 del Decreto 111 de 1996.
Según la regla citada por la Sala, los actos administrativos que afecten apropiaciones presupuestales deben contar con certificados de disponibilidad previos que garanticen la existencia de apropiación suficiente para atender los gastos.
La palabra ‘previos’ resultaba especialmente importante en este caso.
El problema advertido por el liquidador consistía precisamente en que los certificados de disponibilidad aparecían después del perfeccionamiento de la obligación.
El CDP no es un documento decorativo
La sentencia explicó la función del certificado de disponibilidad utilizando el artículo 19 del Decreto 568 de 1996.
De acuerdo con esa disposición, el certificado es expedido por el jefe de presupuesto o quien haga sus veces y garantiza la existencia de una apropiación presupuestal disponible y libre de afectación para asumir compromisos.
Además, ese documento afecta preliminarmente el presupuesto mientras se perfecciona el compromiso y se efectúa el correspondiente registro presupuestal.
Su función, entonces, no consiste simplemente en acompañar formalmente el expediente contractual. Sirve para demostrar que existen recursos disponibles antes de que la entidad asuma el compromiso.
Expedir el certificado después no corrige el problema original
El Consejo de Estado validó la consideración del liquidador según la cual un certificado de disponibilidad posterior al perfeccionamiento de la obligación mostraba que no se habían cumplido las condiciones establecidas para el manejo del presupuesto de la entidad.
La Sala señaló que esa circunstancia no podía ser avalada.
Esto es especialmente importante para contratistas y asesores: la existencia posterior del documento no necesariamente subsana el hecho de que, al momento de asumir la obligación, la apropiación presupuestal no hubiera sido acreditada en la forma exigida.
Contrato civil y disciplina presupuestal pueden coexistir
La sentencia obliga a abandonar una falsa dicotomía.
No hay que escoger entre afirmar que el contrato se rige por normas civiles o afirmar que existen exigencias presupuestales públicas.
Ambas cosas pueden coexistir.
El régimen contractual puede tener naturaleza privada y, al mismo tiempo, la entidad debe respetar las reglas que gobiernan el manejo de sus recursos públicos.
El régimen de pago en la liquidación reforzaba esa conclusión
La Sala recordó también que la liquidación de la E.S.E. estaba sometida a las reglas especiales aplicables al pago de obligaciones dentro del proceso liquidatorio.
El artículo 32 del Decreto 254, modificado por la Ley 1105, establecía que correspondía al liquidador cancelar las obligaciones pendientes de la masa previa disponibilidad presupuestal.
La misma disposición exigía que toda obligación estuviera relacionada en el inventario de pasivos y debidamente comprobada.
Por lo tanto, la disciplina presupuestal aparecía tanto en el momento de asumir los compromisos como en el momento de reconocer y pagar obligaciones dentro de la liquidación.
El presupuesto no fue la única razón para rechazar las cuentas
La sentencia hizo una precisión que evita exagerar el alcance de su decisión.
El Consejo de Estado señaló que la disponibilidad presupuestal posterior al perfeccionamiento de la obligación no había sido la única razón utilizada por el liquidador para negar varias facturas.
También existían casos con falta absoluta o parcial de soportes, servicios no autorizados por la entidad, deudas que no aparecían contabilizadas y obligaciones que habían sido pagadas parcial o totalmente.
Esto significa que el fallo no puede resumirse diciendo que toda la reclamación se perdió exclusivamente por la fecha de los certificados presupuestales.
La regla presupuestal sí tuvo autonomía dentro del análisis
Aunque no fue la única causa de rechazo, el Consejo de Estado analizó expresamente la validez de la consideración presupuestal.
La Sala concluyó que no le asistía razón a COOTRASOMED cuando afirmaba que esas reglas no podían aplicarse por tratarse de contratación sometida a normas civiles.
Esa conclusión tiene valor propio: el régimen privado de contratación no neutraliza el carácter público del presupuesto.
La ejecución del gasto también estaba sometida a reglas específicas
La providencia mencionó igualmente el artículo 73 del Decreto 111.
La Sala explicó que la ejecución de gastos debía realizarse por medio del Programa Anual Mensualizado de Caja y afirmó que el presupuesto de las E.S.E. debía someterse a lo allí dispuesto.
De esta manera, el control presupuestal no terminaba con la expedición del certificado de disponibilidad. La ejecución misma del gasto hacía parte de un sistema de manejo de recursos públicos.
La disponibilidad protege algo más que al contratista
Desde la perspectiva del proveedor, puede parecer que el certificado presupuestal existe únicamente para garantizar que habrá dinero para pagarle.
La sentencia muestra una dimensión más amplia.
El documento también sirve para ordenar la forma en que la entidad compromete sus recursos y para impedir que asuma obligaciones sin apropiación suficiente.
Su relevancia, por tanto, pertenece al manejo del presupuesto público y no solamente a la relación bilateral con el contratista.
El proveedor no debería ignorar la dimensión presupuestal del contrato
El caso deja una lección de prevención contractual.
Quien contrata con una E.S.E. no debería limitar su revisión a la existencia del contrato y a las condiciones comerciales.
También debe prestar atención a los documentos presupuestales que respaldan el compromiso.
Si la disponibilidad aparece después de que la obligación ya fue perfeccionada, la ejecución puede quedar expuesta a cuestionamientos que se vuelven especialmente graves cuando la entidad entra en liquidación.
El riesgo se hace visible cuando llega la liquidación
Durante la ejecución ordinaria de un contrato, una irregularidad documental puede pasar inadvertida o parecer corregible.
Pero en una liquidación administrativa el agente liquidador debe depurar el pasivo y verificar qué obligaciones pueden ser reconocidas.
En ese momento, la cronología de los documentos cobra enorme importancia.
No solo interesa que exista un certificado. Interesa cuándo fue expedido y qué compromiso pretendía respaldar.
La fecha del documento puede ser tan importante como su existencia
El expediente demuestra que conservar un certificado de disponibilidad no basta si ese documento no fue emitido en el momento exigido por las reglas presupuestales.
La Sala puso el acento en la anterioridad del certificado frente a la afectación presupuestal.
Para la gestión contractual, esto convierte la fecha del CDP en una variable jurídica de primer orden.
La liquidación no podía convalidar una irregularidad presupuestal
La posición del liquidador, que posteriormente fue avalada en este punto por el Consejo de Estado, fue que no correspondía convalidar irregularidades producidas en la asunción de obligaciones sin el soporte presupuestal oportuno.
El mensaje es importante: el proceso de liquidación no existe para corregir retrospectivamente todas las fallas ocurridas durante la operación de la entidad.
Su función incluye determinar qué pasivos están debidamente comprobados y cuáles pueden ser reconocidos conforme a las reglas aplicables.
Una recomendación de lectura para litigantes: separar validez contractual y respaldo presupuestal
En litigios similares conviene formular preguntas distintas.
Primera: ¿existía un contrato y bajo qué régimen se celebró?
Segunda: ¿la entidad tenía apropiación presupuestal disponible cuando asumió el compromiso?
Tercera: ¿el certificado de disponibilidad era previo?
Cuarta: ¿existió el registro presupuestal correspondiente?
Quinta: ¿la obligación quedó debidamente comprobada para efectos de su reconocimiento en la liquidación?
Confundir estas preguntas puede llevar a pensar que la validez de una relación contractual resuelve automáticamente todos los problemas presupuestales.
Lo que no debe concluirse de esta sentencia
El fallo no dice que todos los contratos de las E.S.E. estén sometidos integralmente al mismo régimen contractual de las entidades regidas por el estatuto general de contratación.
La Sala reconoció expresamente que las E.S.E. están sujetas a normas civiles en materia contractual.
Lo que afirmó fue algo distinto: esa circunstancia no las desvincula de las normas presupuestales estatales, porque sus recursos son públicos.
Tampoco sostuvo que la fecha del certificado presupuestal fuera la única razón para rechazar todas las acreencias de COOTRASOMED.
La decisión del Consejo de Estado
La Sección Primera concluyó que no le asistía razón a COOTRASOMED al sostener que las disposiciones presupuestales no podían aplicarse por el carácter privado del régimen contractual de la E.S.E.
La Sala consideró que los certificados de disponibilidad posteriores al perfeccionamiento de la obligación evidenciaban el incumplimiento de las condiciones establecidas para el manejo del presupuesto de la entidad.
Esa irregularidad, sumada a otros problemas documentales y contables examinados en el proceso, apoyó la decisión de mantener la legalidad de los actos del liquidador.
Conclusión: el contrato puede ser privado, pero el dinero sigue siendo público
La sentencia deja una fórmula sencilla para comprender un problema jurídico complejo.
Una E.S.E. puede celebrar contratos sometidos a normas civiles y, al mismo tiempo, estar obligada a respetar las reglas del presupuesto público.
No existe contradicción entre ambas ideas.
La naturaleza contractual define una parte de la relación; la naturaleza pública de los recursos define otra.
Para proveedores y asesores, la consecuencia es práctica: revisar el contrato sin revisar su respaldo presupuestal es revisar solo la mitad del riesgo.
Cuando llega una liquidación, esa otra mitad puede decidir si la acreencia logra ser reconocida o si termina enfrentando una glosa que ya no puede corregirse retrospectivamente.
